分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展

引用本文: 曹了然, 张春煜, 张鼎林, 楚慧郢, 张跃斌, 李国辉. 分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展[J]. 物理化学学报, 2017, 33(7): 1354-1365. doi: 10.3866/PKU.WHXB201704144 shu

Citation: CAO Liao-Ran, ZHANG Chun-Yu, ZHANG Ding-Lin, CHU Hui-Ying, ZHANG Yue-Bin, LI Guo-Hui. Recent Developments in Using Molecular Dynamics Simulation Techniques to Study Biomolecules[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2017, 33(7): 1354-1365. doi: 10.3866/PKU.WHXB201704144 shu

分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展

1.
中国科学院大连化学物理研究所分子模拟与设计研究组, 分子反应动力学国家重点实验室, 辽宁大连 116023;
2.
辽河油田总医院, 辽宁盘锦 124010
基金项目:
国家自然科学基金（21573217，91430110，31370714，21625302）资助项目

摘要: 在当今科学探索中，分子动力学模拟作为实验的辅助，替代甚至引导，有越来越大的重要性。在这篇综述里，我们概括介绍了分子模拟领域的发展历史，特别是专注于近期的进展，包括新的分子力场，增强采样技术以及在研究生物分子体系方面的最新成果。

关键词:

English

Recent Developments in Using Molecular Dynamics Simulation Techniques to Study Biomolecules

1.
Laboratory of Molecular Modeling and Design, State key Laboratory of Molecular Reaction Dynamics, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences, Dalian 116023, Liaoning Province, P. R. China;
2.
Liaohe Oil Field General Hospital, Panjin 124010, Liaoning Province, P. R. China
Received Date: 01 December 2016
Revised Date: 21 March 2017
Available Online: 14 April 2017
Fund Project:
The project was supported by the National Natural Science Foundation of China (21573217, 91430110, 31370714, 21625302).

Abstract: Molecular dynamics simulation (MDS) has gained increasing importance in current-day scientific research, as the supplement, guidance, or even replacement of experiments. In this review, we briefly introduce the history of the development of molecular dynamics simulation, focusing on recent progress including new-generation force fields, modern enhanced sampling schemes, and application for the investigation of complex biomolecules.

Key words:

1. [1]
  (1) Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1959, 31, 459. doi: 10.1063/1.1730376
2. [2]
  (2) McDaniel, J. G.; Schmidt, J. R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2016, 67, 467. doi: 10.1146/annurev-physchem-040215-112047
3. [3]
  (3) Karplus, S.; Lifson, S. Biopolymers 1971, 10, 1973. doi: 10.1002/bip.360101014
4. [4]
  (4) Warshel, A. Israel J. Chem. 1973, 11, 709.
5. [5]
  (5) Warshel, A.; Levitt, M.; Lifson, S. J. Mol. Spectrosc. 1970, 33, 84. doi: 10.1016/0022-2852(70)90054-8
6. [6]
  (6) Warshel, A.; Lifson, S. J. Chem. Phys. 1970, 53, 582. doi: 10.1063/1.1674031
7. [7]
  (7) Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551. doi: 10.1021/ja00205a001
8. [8]
  (8) Halgren, T. A. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 1992, 204, 38.
9. [9]
  (9) Halgren, T. A.; Bush, B. L. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 1996, 212, 2.
10. [10]
  (10) Halgren, T. A.; Nachbar, R. B. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 1996, 211, 70.
11. [11]
  (11) Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024. doi: 10.1021/ja00051a040
12. [12]
  (12) Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem-Us. 1990, 94, 8897. doi: 10.1021/j100389a010
13. [13]
  (13) Case, D. A.; Cheatham, T. E., 3rd; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668. doi: 10.1002/jcc.20290
14. [14]
  (14) Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2309. doi: 10.1021/ja955032e
15. [15]
  (15) Best, R. B.; Mittal, J.; Feig, M.; MacKerell, A. D., Jr. Biophys. J. 2012, 103, 1045. doi: 10.1016/j.bpj.2012.07.042
16. [16]
  (16) Guvench, O.; Hatcher, E. R.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; Mackerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2353. doi: 10.1021/ct900242e
17. [17]
  (17) Hart, K.; Foloppe, N.; Baker, C. M.; Denning, E. J.; Nilsson, L.; Mackerell, A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 348. doi: 10.1021/ct200723y
18. [18]
  (18) MacKerell, A. D., Jr.; Banavali, N.; Foloppe, N. Biopolymers 2000, 56, 257. doi: 10.1002/1097-0282(2000)56:4<257::AIDBIP10029>3.0.CO;2-W
19. [19]
  (19) Mallajosyula, S. S.; Guvench, O.; Hatcher, E.; Mackerell, A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 759. doi: 10.1021/ct200792v
20. [20]
  (20) Raman, E. P.; Guvench, O.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12981. doi: 10.1021/jp105758h
21. [21]
  (21) Vanommeslaeghe, K.; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; Mackerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2010, 31, 671. doi: 10.1002/jcc.21367
22. [22]
  (22) Yu, W.; He, X.; Vanommeslaeghe, K.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2012, 33, 2451. doi: 10.1002/jcc.23067
23. [23]
  (23) Daura, X.; Oliva, B.; Querol, E.; Aviles, F. X.; Tapia, O. Proteins 1996, 25, 89. doi: 10.1002/(Sici)1097-0134(199605) 25:1<89::Aid-Prot7>3.0.Co;2-F
24. [24]
  (24) Hansen, H. S.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2011, 32, 998. doi: 10.1002/jcc.21675
25. [25]
  (25) Horta, B. A. C.; Lin, Z. X.; Huang, W.; Riniker, S.; van Gunsteren, W. F.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1907. doi: 10.1002/jcc.23021
26. [26]
  (26) Kouwijzer, M. L. C. E.; vanEijck, B. P.; Kooijman, H.; Kroon, J. Aip. Conf. Proc. 1995, 330, 393.
27. [27]
  (27) Lins, R. D.; Hunenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400. doi: 10.1002/jcc.20275
28. [28]
  (28) Oostenbrink, C.; Soares, T. A.; van der Vegt, N. F. A.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. Biophy. 2005, 34, 273. doi: 10.1007/s00249-004-0448-6
29. [29]
  (29) Ott, K. H.; Meyer, B. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1068. doi: 10.1002/(Sici)1096-987x(199606)17:8<1068::Aid-Jcc14> 3.3.Co;2-T
30. [30]
  (30) Pol-Fachin, L.; Rusu, V. H.; Verli, H.; Lins, R. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4681. doi: 10.1021/ct300479h
31. [31]
  (31) Reif, M. M.; Hunenberger, P. H.; Oostenbrink, C. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3705. doi: 10.1021/ct300156h
32. [32]
  (32) Smith, M. D.; Rao, J. S.; Segelken, E.; Cruz, L. J Chem Inf. Model 2015, 55, 2587. doi: 10.1021/acs.jcim.5b00308
33. [33]
  (33) Soares, T. A.; Hunenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Krautler, V.; Lenz, T.; Lins, R. D.; Oostenbrink, C.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2005, 26, 725. doi: 10.1002/jcc.20193
34. [34]
  (34) Suardiaz, R.; Maestre, M.; Suarez, E.; Perez, C. J. Mol. Struc-Theochem. 2006, 778, 21. doi: 10.1016/j.theochem.2006.08.030
35. [35]
  (35) Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225. doi: 10.1021/ja9621760
36. [36]
  (36) Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474. doi: 10.1021/jp003919d
37. [37]
  (37) Rick, S. W.; Stuart, S. J. Rev. Comp. Ch. 2002, 18, 89. doi: 10.1002/0471433519.ch3
38. [38]
  (38) Lamoureux, G.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025. doi: 10.1063/1.1589749
39. [39]
  (39) Kratz, E. G.; Walker, A. R.; Lagardere, L.; Lipparini, F.; Piquemal, J. P.; Andres Cisneros, G. J. Comput. Chem. 2016, 37, 1019. doi: 10.1002/jcc.24295
40. [40]
  (40) Nessler, I. J.; Litman, J. M.; Schnieders, M. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2016 . doi: 10.1039/c6cp02595a
41. [41]
  (41) Soderhjelm, P.; Ryde, U. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 617. doi: 10.1021/jp8073514
42. [42]
  (42) Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599. doi: 10.1063/1.1591727
43. [43]
  (43) Yang, Z. Z. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 2006, 231.
44. [44]
  (44) Wang, C. S.; Zhao, D. X.; Yang, Z. Z. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 132. doi: 10.1016/S0009-2614(00)00938-6
45. [45]
  (45) Piquemal, J. P.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10353. doi: 10.1021/jp035748t
46. [46]
  (46) Jiang, F.; Zhou, C. Y.; Wu, Y. D. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 6983. doi: 10.1021/jp5017449
47. [47]
  (47) Xun, S. N.; Jiang, F.; Wu, Y. D. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1949. doi: 10.1021/acs.jctc.5b00029
48. [48]
  (48) Zhou, C. Y.; Jiang, F.; Wu, Y. D. J. Phys. Chem. B 2015, 119, 1035. doi: 10.1021/jp5064676
49. [49]
  (49) Ponder, J. W.; Wu, C. J.; Ren, P. Y.; Pande, V. S.; Chodera, J. D.; Schnieders, M. J.; Haque, I.; Mobley, D. L.; Lambrecht, D. S.; DiStasio, R. A.; Head-Gordon, M.; Clark, G. N. I.; Johnson, M. E.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549. doi: 10.1021/jp910674d
50. [50]
  (50) Shi, Y.; Xia, Z.; Zhang, J. J.; Best, R.; Wu, C. J.; Ponder, J. W.; Ren, P. Y. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4046. doi: 10.1021/ct4003702
51. [51]
  (51) Peng, X. D.; Zhang, Y. B.; Chu, H. Y.; Li, Y.; Zhang, D. L.; Cao, L. R.; Li, G. H. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 2973. doi: 10.1021/acs.jctc.6b00128
52. [52]
  (52) Konig, G.; Hudson, P. S.; Boresch, S.; Woodcock, H. L. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1406. doi: 10.1021/ct401118k
53. [53]
  (53) Konig, G.; Pickard, F. C. t.; Mei, Y.; Brooks, B. R. J. Comput. Aided Mol. Des. 2014, 28, 245. doi: 10.1007/s10822-014-9708-4
54. [54]
  (54) Konig, G.; Mei, Y.; Pickard, F. C.; Simmonett, A. C.; Miller, B. T.; Herbert, J. M.; Woodcock, H. L.; Brooks, B. R.; Shao, Y. H. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 332. doi: 10.1021/acs.jctc.5b00874
55. [55]
  (55) Dybeck, E. C.; Konig, G.; Brooks, B. R.; Shirts, M. R. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 1466. doi: 10.1021/acs.jctc.5b01188
56. [56]
  (56) Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
57. [57]
  (57) Boulanger, E.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1795. doi: 10.1021/ct401095k
58. [58]
  (58) Boulanger, E.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4527. doi: 10.1021/ct300722e
59. [59]
  (59) Lipparini, F.; Cappelli, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2013, 138, 234108. doi: 10.1063/1.4811113
60. [60]
  (60) Lipparini, F.; Cappelli, C.; Barone, V. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4153. doi: 10.1021/ct3005062
61. [61]
  (61) Caprasecca, S.; Jurinovich, S.; Lagardere, L.; Stamm, B.; Lipparini, F. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 694. doi: 10.1021/ct501087m
62. [62]
  (62) Caprasecca, S.; Jurinovich, S.; Viani, L.; Curutchet, C.; Mennucci, B. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1588. doi: 10.1021/ct500021d
63. [63]
  (63) Thellamurege, N. M.; Si, D.; Cui, F.; Zhu, H.; Lai, R.; Li, H. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2816. doi: 10.1002/jcc.23435
64. [64]
  (64) Caprasecca, S.; Curutchet, C.; Mennucci, B. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4462. doi: 10.1021/ct300620w
65. [65]
  (65) Sneskov, K.; Schwabe, T.; Christiansen, O.; Kongsted, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 18551. doi: 10.1039/c1cp22067e
66. [66]
  (66) Schwabe, T.; Olsen, J. M.; Sneskov, K.; Kongsted, J.; Christiansen, O. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2209. doi: 10.1021/ct200258g
67. [67]
  (67) Olsen, J. M.; Aidas, K.; Mikkelsen, K. V.; Kongsted, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 249. doi: 10.1021/ct900502s
68. [68]
  (68) Curutchet, C.; Munoz-Losa, A.; Monti, S.; Kongsted, J.; Scholes, G. D.; Mennucci, B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1838. doi: 10.1021/ct9001366
69. [69]
  (69) Nielsen, C. B.; Christiansen, O.; Mikkelsen, K. V.; Kongsted, J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 154112. doi: 10.1063/1.2711182
70. [70]
  (70) Loco, D.; Polack, E.; Caprasecca, S.; Lagardere, L.; Lipparini, F.; Piquemal, J. P.; Mennucci, B. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3654. doi: 10.1021/acs.jctc.6b00385
71. [71]
  (71) Dziedzic, J.; Mao, Y.; Shao, Y.; Ponder, J.; Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Skylaris, C. K. J. Chem. Phys. 2016, 145, 124106. doi: 10.1063/1.4962909
72. [72]
  (72) Han, J.; Truhlar, D. G.; Gao, J. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1161. doi: 10.1007/s00214-012-1161-7
73. [73]
  (73) Leverentz, H. R.; Gao, J.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2011, 129, 3. doi: 10.1007/s00214-011-0889-9
74. [74]
  (74) Xie, W.; Orozco, M.; Truhlar, D. G.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 459. doi: 10.1021/ct800239q
75. [75]
  (75) Song, L.; Han, J.; Lin, Y. L.; Xie, W.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11656. doi: 10.1021/jp902710a
76. [76]
  (76) Xie, W.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890. doi: 10.1021/ct700167b
77. [77]
  (77) Xie, W. S.; Song, L. C.; Truhlar, D. G.; Gao, J. L. J. Chem. Phys. 2008, 128. doi: Artn 23410810.1063/1.2936122
78. [78]
  (78) Xie, W. S.; Song, L. C.; Truhlar, D. G.; Gao, J. L. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 14124. doi: 10.1021/jp804512f
79. [79]
  (79) Gao, J. L. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2346. doi: 10.1063/1.476802
80. [80]
  (80) Gao, J. L. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657. doi: 10.1021/jp962833a
81. [81]
  (81) Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781. doi: 10.1002/jcc.20289
82. [82]
  (82) Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545. doi: 10.1002/jcc.21287
83. [83]
  (83) Han, J.; Mazack, M. J. M.; Zhang, P.; Truhlar, D. G.; Gao, J. L. J. Chem. Phys. 2013, 139. doi: Artn 05450310.1063/1.4816280
84. [84]
  (84) Stukan, M. R.; Asmadi, A.; Abdallah, W. J. Mol. Liq. 2013, 180, 65. doi: 10.1016/j.molliq.2012.12.023
85. [85]
  (85) Rohrdanz, M. A.; Zheng, W. W.; Clementi, C. Annu. Rev. Phys. Chem. 2013, 64, 295. doi: 10.1146/annurev-physchem-040412-110006
86. [86]
  (86) Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossvary, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; McLeavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y. B.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Conf. Proc. Int. Symp. C 2007, 1.
87. [87]
  (87) Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossvary, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; Mcleavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y. B.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. Acm. 2008, 51, 91. doi: 10.1145/1364782.1364802
88. [88]
  (88) Shaw, D. E.; Dror, R. O.; Salmon, J. K.; Grossman, J. P.; Mackenzie, K. M.; Bank, J. A.; Young, C.; Deneroff, M. M.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chow, E.; Eastwood, M. P.; Ierardi, D. J.; Klepeis, J. L.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Moraes, M. A.; Piana, S.; Shan, Y. B.; Towles, B. Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis 2009 .
89. [89]
  (89) Grossman, J. P.; Towles, B.; Greskamp, B.; Shaw, D. E. Int. Parall. Distrib. P 2015, 860. doi: 10.1109/Ipdps.2015.42
90. [90]
  (90) Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011. doi: 10.1002/jcc.540130812
91. [91]
  (91) Shirts, M. R.; Chodera, J. D. J. Chem. Phys. 2008, 129. doi: Artn 12410510.1063/1.2978177
92. [92]
  (92) Mey, A. S. J. S.; Wu, H.; Noe, F. Phys. Rev. X 2014, 4. doi: ARTN 04101810.1103/PhysRevX.4.041018
93. [93]
  (93) Compoint, M.; Picaud, F.; Ramseyer, C.; Girardet, C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 134707. doi: 10.1063/1.1869413
94. [94]
  (94) Aci, S.; Mazier, S.; Genest, D. J. Mol. Biol. 2005, 351, 520. doi: 10.1016/j.jmb.2005.06.009
95. [95]
  (95) Kruger, P.; Verheyden, S.; Declerck, P. J.; Engelborghs, Y. Protein Sci. 2001, 10, 798. doi: 10.1110/ps.40401
96. [96]
  (96) Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. Proteins 2000, 39, 252.
97. [97]
  (97) Schlitter, J.; Engels, M.; Kruger, P. J. Mol. Graph 1994, 12, 84.
98. [98]
  (98) Bussi, G.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 090601. doi: 10.1103/PhysRevLett.96.090601
99. [99]
  (99) Laio, A.; Rodriguez-Fortea, A.; Gervasio, F. L.; Ceccarelli, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6714. doi: 10.1021/jp045424k
100. [100]
  (100) Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600. doi: 10.1021/ja0445950

扫一扫看文章

计量

PDF下载量: 38
文章访问数: 1924
HTML全文浏览量: 494

通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com

1.
沈阳化工大学材料科学与工程学院沈阳 110142

分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展

English

Recent Developments in Using Molecular Dynamics Simulation Techniques to Study Biomolecules

CCS Chemistry：嵌段共聚物自组装成 “三明治”二维有机材料，实现纳米级压力传感功能

CCS Chemistry：颜徐州、鲍哲南：你的皮肤可能是一片SPMs

CCS Chemistry：工作高效不疲劳，只须让催化剂动起来

CCS Chemistry：静电组装导向聚合- 聚电解质纳米凝胶量化制备新策略

CCS Chemistry：金黄色葡萄球菌醛基脱氢酶是如何识别特异性底物的？

计量

通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com

中国化学会秘书处

分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展

English

Recent Developments in Using Molecular Dynamics Simulation Techniques to Study Biomolecules

CCS Chemistry：嵌段共聚物自组装成 “三明治”二维有机材料，实现纳米级压力传感功能

CCS Chemistry：颜徐州、鲍哲南： 你的皮肤可能是一片SPMs

CCS Chemistry：工作高效不疲劳，只须让催化剂动起来

CCS Chemistry：静电组装导向聚合- 聚电解质纳米凝胶量化制备新策略

CCS Chemistry：金黄色葡萄球菌醛基脱氢酶是如何识别特异性底物的？

计量

文章相关

通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com

中国化学会秘书处

CCS Chemistry：颜徐州、鲍哲南：你的皮肤可能是一片SPMs