基于新医科建设对创新型药学人才培养的要求，针对药学专业传统有机化学实验教学中以验证性实验为主，学生被动完成实验操作，缺乏对实验设计、反应机理及药物研发逻辑的系统性理解等问题，本研究构建了“理论奠基-创新设计-综合实践”三阶递进式项目化教学体系。以药学领域备受关注的香豆素查耳酮衍生物的创新合成为载体，通过理论教学与实验探索联动、合成方案创新设计、跨课程综合表征实践的系统训练，培养学生从分子设计到结构表征的系统科研思维和药学学科核心素养，为新医科背景下药学专业实验教学改革提供了创新范式。