Citation: Zhou Yiqing, Xiao Youli. Target Identification of Bioactive Natural Products[J]. Acta Chimica Sinica, ;2018, 76(3): 177-189. doi: 10.6023/A17110484 shu

Target Identification of Bioactive Natural Products

Zhou Yiqing ^a ,
Xiao Youli ^a,b,,

a.
CAS Key Laboratory of Synthetic Biology, CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032
b.
University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100039

Corresponding author: Xiao Youli, ylxiao@sibs.ac.cn
Received Date: 6 November 2017
Available Online: 25 March 2017
Fund Project: Project supported by the National Natural Science Foundation of China (Nos. 21572243, 21502206) and Chinese Academy of Sciences (No. XDPB0402)the National Natural Science Foundation of China 21502206Chinese Academy of Sciences XDPB0402the National Natural Science Foundation of China 21572243

Figures(8)

Natural products are rich sources of drugs for the treatment of human diseases, while identification of the protein targets and mode of actions is one of the most significant and challenging steps in drug discovery across bioactive natural products. This review describes recent progresses in the methodology of target identification of natural products, highlights examples of target identification utilizing chemical proteomics and biophysical strategies, and discusses the advantages, limitations, applications, and challenges of each strategy.
- natural products,
- target identification,
- chemical proteomics,
- biophysics,
- phenotype screening
1. [1]
  Koehn, F. E.; Carter, G. T. Nat. Rev. Drug Discov. 2005, 4, 206. doi: 10.1038/nrd1657
2. [2]
  Calson, E. E. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 639. doi: 10.1021/cb100105c
3. [3]
  Gao, Y.; Hu, J.; Ju, Y. Acta Chim. Sinica 2016, 74, 312(in Chinese).
4. [4]
  Rodrigues, T.; Reker, D.; Schneider, P.; Schneider, G. Nat. Chem. 2016, 8, 531. doi: 10.1038/nchem.2479
5. [5]
  Xu, Y.; Cheng, J. Chinese Sci. Bull. 2017, 62, 908(in Chinese).
6. [6]
  Schenone, M.; Dancik, V.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A. Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 232. doi: 10.1038/nchembio.1199
7. [7]
  Titov, D. V.; Liu, J. O. Bioorgan. Med. Chem. 2012, 20, 1902. doi: 10.1016/j.bmc.2011.11.070
8. [8]
  Rix, U.; Superti-Furga, G. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 616. doi: 10.1038/nchembio.216
9. [9]
  Geoghegan, K. F.; Johnson, D. S. Annu. Rep. Med. Chem. 2010, 45, 345. doi: 10.1016/S0065-7743(10)45021-6
10. [10]
  Kawatani, M.; Osada, H. MedChemComm 2014, 5, 277. doi: 10.1039/c3md00276d
11. [11]
  Wang, C.; Chen, N. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 657(in Chinese).
12. [12]
  Harding, M. W.; Galat, A.; Uehling, D. E.; Schreiber, S. L. Nature 1989, 341, 758. doi: 10.1038/341758a0
13. [13]
  Taunton, J.; Hassig, C. A.; Schreiber, S. L. Science 1996, 272, 408. doi: 10.1126/science.272.5260.408
14. [14]
  Sin, N.; Meng, L.; Wang, M. Q.; Wen, J. J.; Bornmann, W. G.; Crews, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 6099. doi: 10.1073/pnas.94.12.6099
15. [15]
  Griffith, E. C.; Su, Z.; Turk, B. E.; Chen, S.; Chang, Y. H.; Wu, Z.; Biemann, K.; Liu, J. O. Chem. Biol. 1997, 4, 461. doi: 10.1016/S1074-5521(97)90198-8
16. [16]
  Griffith, E. C.; Su, Z.; Niwayama, S.; Ramsay, C. A.; Chang, Y.; Liu, J. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 15183. doi: 10.1073/pnas.95.26.15183
17. [17]
  Kudo, N.; Matsumori, N.; Taoka, H.; Fujiwara, D.; Scheriner, E. P.; Wolff, B.; Yoshida, M.; Horinouchi, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9112. doi: 10.1073/pnas.96.16.9112
18. [18]
  Low, W. K.; Dang, Y.; Schneider-Poetsch, T.; Shi, Z.; Choi, N. S.; Rzasa, R. M.; Shea, H. A.; Li, S.; Park, K.; Ma, G.; Romo, D.; Liu, J. O. Method. Enzymol. 2007, 431, 303. doi: 10.1016/S0076-6879(07)31014-8
19. [19]
  Yamaoka, M.; Sato, K.; Kobayashi, M.; Nishio, N.; Ohkubo, M.; Fujii, T.; Nakajima, H. J. Antibiot. 2005, 58, 654. doi: 10.1038/ja.2005.90
20. [20]
  Bargagna-Mohan, P.; Hamza, A.; Kim, Y. E.; Ho, Y. K. A.; Mor-Vaknin, N.; Wendschlag, N.; Liu, J.; Evans, R. M.; Mar-kovitz, D. M.; Zhan, C.; Kim, K. B.; Mohan, R. Chem. Biol. 2007, 14, 623. doi: 10.1016/j.chembiol.2007.04.010
21. [21]
  Ki, S. W.; Ishigami, K.; Kitahara, T.; Kasahara, K.; Yoshida, M.; Horinouchi, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 39231. doi: 10.1074/jbc.M006192200
22. [22]
  Dong, T.; Li, C.; Wang, X.; Dian, L.; Zhang, X.; Li, L.; Chen, S.; Cao, R.; Li, L.; Huang, N.; He, S.; Lei, X. Nat. Commun. 2015, 6, 6522. doi: 10.1038/ncomms7522
23. [23]
  Margarucci, L.; Monti, M. C.; Cassiano, C.; Mozzicafreddo, M.; Angeletti, M.; Riccio, R.; Tosco, A.; Casapullo, A. Chem. Commun. 2013, 49, 5844. doi: 10.1039/c3cc41858h
24. [24]
  Cassiano, C.; Margarucci, L.; Exposito, R.; Riccio, R.; Tosco, A.; Casapullo, A.; Monti, M. C. Chem. Commun. 2014, 50, 6043. doi: 10.1039/C4CC00989D
25. [25]
  Klaić, L.; Morimoto, R. I.; Silverman, R. B. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 928. doi: 10.1021/cb200539u
26. [26]
  Li, J.; Casteels, T.; Frogne, T.; Ingvorsen, C.; Honore, C.; Courtney, M.; Huber, K. V. M.; Schminer, N.; Kimmel, R. A.; Ramanov, R. A.; Sturtzel, C.; Lardeau, C.; Klughammer, J.; Farlik, M.; Sdelci, S.; Vieira, A.; Avolio, F.; Briand, F.; Baburin, I.; Majek, P.; Pauler, F. M.; Penz, T.; Stukalov, A.; Gridling, M.; Parapatics, K.; Barbieux, C.; Berishvili, E.; Spittler, A.; Colinge, J.; Bennett, K.; Hering, S.; Sulpice, T.; Bock, C.; Distel, M.; Harkany, T.; Meyer, D.; Superti-Furga, G.; Collombat, R.; Hechsher-Sorensen, J.; Kubicek, S. Cell 2017, 168, 86. doi: 10.1016/j.cell.2016.11.010
27. [27]
  Kong, L. M.; Deng, X.; Zuo, Z. L.; Sun, H. D.; Zhao, Q. S.; Li, Y. Oncotarget 2014, 5, 11354.
28. [28]
  Liu, C.; Yin, Q.; Zhou, H.; Wu, Y.; Pu, J.; Xia, L.; Liu, W.; Huang, X.; Jiang, T.; Wu, M.; He, L.; Zhao, Y.; Wang, X.; Xiao, W.; Chen, H.; Zhao, Q.; Zhou, A.; Wang, L.; Sun, H.; Chen, G. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 486. doi: 10.1038/nchembio.935
29. [29]
  Zhao, Q.; Ding, Y.; Deng, Z.; Lee, O. Y.; Gao, P.; Chen, P.; Rose, R. J.; Zhao, H.; Zhang, Z.; Tao, X.; Heck, A. J. R.; Kao, R.; Yang, D. Chem. Sci. 2015, 6, 4124. doi: 10.1039/C5SC00633C
30. [30]
  Li, D.; Li, C.; Li, L.; Chen, S.; Wang, L.; Li, Q.; Wang, X.; Lei, X.; Shen, Z. Cell Chem. Biol. 2016, 23, 257. doi: 10.1016/j.chembiol.2015.08.018
31. [31]
  Yi, C. M.; Yu, J.; Kim, H.; Lee, N. R.; Kim, S. W.; Lee, N. J.; Lee, J.; Seong, J.; Kim, N. J.; Inn, K. S. Chem. Commun. 2017, 53, 7045. doi: 10.1039/C7CC02789C
32. [32]
  Capolupo, A.; Esposito, R.; Zampella, A.; Festa, C.; Roccio, R.; Casapullo, A.; Tosco, A., Monti, M. C. J. Nat. Prod. 2017, 80, 909. doi: 10.1021/acs.jnatprod.6b00793
33. [33]
  Kanoh, N.; Kumashiro, S.; Simizu, S.; Kondoh, Y.; Hatakeyama, S.; Tashiro, H.; Osada, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 115, 5742. doi: 10.1002/(ISSN)1521-3757
34. [34]
  Kanoh, N.; Honda, K.; Simizu, S.; Muroi, M.; Osada, H. Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 3559. doi: 10.1002/(ISSN)1521-3773
35. [35]
  Hirohama, M.; Kumar, A.; Fukuda, I.; Matsuoka, S.; Igarashi, Y.; Saitoh, H.; Takagi, M.; Shinya, K.; Honda, K.; Kondoh, Y.; Saito, T.; Nakao, Y.; Osada, H.; Zhang, K. Y. J.; Yoshida, M.; Ito, A. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 2635. doi: 10.1021/cb400630z
36. [36]
  Kolb, H. C.; Finn, M. G.; Sharpless, K. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 2004. doi: 10.1002/(ISSN)1521-3773
37. [37]
  Kalesh, K. A.; Clulow, J. A.; Tate, E. W. Chem. Commun. 2015, 51, 5497. doi: 10.1039/C4CC09527H
38. [38]
  Ciepla, P.; Konitsiotis, A. D.; Serwa, R. A.; Masumoto, N.; Leong, W. P.; Dallman, M. J.; Magee, A. I.; Tate, E. W. Chem. Sci. 2014, 5, 4249. doi: 10.1039/C4SC01600A
39. [39]
  Kreuzer, J.; Bach, N. C.; Forler, D.; Sieber, S. A. Chem. Sci. 2015, 6, 237. doi: 10.1039/C4SC02339K
40. [40]
  Batternberg, O. A.; Yang, Y.; Verhelst, S. H. L.; Sieber, S. A. Mol. BioSyst. 2013, 9, 343. doi: 10.1039/c2mb25446h
41. [41]
  Wang, J.; Zhang, J.; Zhang, C.; Wong, Y. K.; Lim, T. K.; Hua, Z.; Liu, B.; Tannenbaum, S. R.; Shen, H.-M.; Lin, Q. Sci. Rep. 2016, 6, 22146. doi: 10.1038/srep22146
42. [42]
  Wang, J.; Tan, X. F.; Nguyen, V. S.; Yang, P.; Zhou, J.; Gao, M.; Li, Z.; Lim, T. K.; He, Y.; Ong, C. S.; Lay, Y.; Zhang, J.; Zhu, G.; Lai, S.-L.; Ghosh, D.; Mok, Y. K.; Shen, H.-M.; Lin, Q. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, M113. 029793.
43. [43]
  Wang, J.; Zhang, C.; Chia, W.; Loh, C.; Li, Z.; Lee, Y.; He, Y.; Yuan, L.; Lim, T.; Liu, M.; Liew, C.; Lee, Y.; Zhang, J.; Lu, N.; Lim, C.; Hua, Z.; Liu, B.; Shen, H.-M.; Tan, S.; Lin, Q. Nat. Commun. 2015, 6, 10111. doi: 10.1038/ncomms10111
44. [44]
  Ismail, H. M.; Barton, V.; Phanchana, M.; Charoensutthivarakul, S.; Wong, M. H. L.; Hemingway, J.; Biagini, G. A.; O'Neill, P. M.; Ward, S. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016, 113, 2080. doi: 10.1073/pnas.1600459113
45. [45]
  Zhou, Y.; Li, W.; Xiao, Y. ACS Chem. Biol. 2016, 11, 882. doi: 10.1021/acschembio.5b01043
46. [46]
  Zhou, Y.; Li, W.; Zhang, X.; Zhang, H.; Xiao, Y. Chem. Commun. 2016, 52, 14035. doi: 10.1039/C6CC07581A
47. [47]
  Li, J.; Cisar, J. S.; Zhou, C.-Y.; Vera, B.; Williams, H.; Rodrigurz, A. D.; Cravatt, B. F.; Romo, D. Nat. Chem. 2013, 5, 510. doi: 10.1038/nchem.1653
48. [48]
  Nishino, M.; Choy, J. W.; Gushwa, N. N.; Oses-Prieto, J. A.; Koupparis, K.; Burlingame, A. L.; Renslo, A. R.; McKerrow, J. H.; Taunton, J. eLife 2013, 2, e00712.
49. [49]
  Zheng, B.; Zhu, S.; Wu, X. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 115. doi: 10.1021/cb500758s
50. [50]
  Yang, J.; Tallman, K. A.; Porter, N. A.; Liebler, D. C. Anal. Chem. 2015, 87, 2535. doi: 10.1021/ac504685y
51. [51]
  Wright, M. H.; Tao, Y.; Drechsel, J.; Krysiak, J.; Chamni, S.; Weigert-Munoz, A.; Harvey, N. L.; Romo, D.; Sieber, S. A. Chem. Commun. 2017, DOI:10. 1039/C7CC04990K. doi: 10.1039/C7CC04990K
52. [52]
  Yang, M.; Chen, P. Acta Chim. Sinica 2015, 73, 783. doi: 10.3866/PKU.WHXB201502062
53. [53]
  Smith, E.; Collins, I. Future Med. Chem. 2015, 7, 159. doi: 10.4155/fmc.14.152
54. [54]
  Park, J.; Koh, M.; Koo, J. Y.; Lee, S.; Park, S. B. ACS Chem. Biol. 2015, 11, 44.
55. [55]
  Kleiner, P.; Heydenreuter, W.; Stahl, M.; Korotkov, V. S.; Sieber, S. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2017, 56, 1396. doi: 10.1002/anie.201605993
56. [56]
  Lamos, S. M.; Krusemark, C. J.; McGee, C. J.; Scalf, M.; Smith, L. M.; Belshaw, P. J. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 4329. doi: 10.1002/(ISSN)1521-3773
57. [57]
  Eirich, J.; Orth, R; Sieber, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12144. doi: 10.1021/ja2039979
58. [58]
  Shi, H.; Cheng, X.; Sze, S. K.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2011, 47, 11306. doi: 10.1039/c1cc14824a
59. [59]
  Hulce, J. J.; Cognetta, A. B.; Niphakis, M.; Tull, S. E.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2012, 10, 259
60. [60]
  Zhuang, S.; Li, Q.; Cai, L.; Wang, C.; Lei, X. ACS. Cent. Sci. 2017, 3, 501. doi: 10.1021/acscentsci.7b00134
61. [61]
  Konziase, B. Anal. Biochem. 2015, 482, 25. doi: 10.1016/j.ab.2015.04.020
62. [62]
  Guo, H.; Xu, J.; Hao, P.; Ding, K.; Li, Z. Chem. Commun. 2017, 53, 9620. doi: 10.1039/C7CC04190J
63. [63]
  Lehmann, J.; Richers, J.; Pothig, A.; Sieber, S. A. Chem. Commun. 2017, 53, 107. doi: 10.1039/C6CC08365J
64. [64]
  Wang, D.; Cao, Y.; Zheng, L.; Lv, D.; Chen, L.; Xing, X.; Zhu, Z.; Li, X.; Chai, Y. Chem. Commun. 2017, 53, 5020. doi: 10.1039/C7CC02227A
65. [65]
  Zhou, Y.; Di, Z.; Li, X.; Shan, Y.; Li, W.; Zhang, H.; Xiao, Y. Chem. Commun. 2017, 53, 8671. doi: 10.1039/C7CC04345G
66. [66]
  Wright, M. H.; Fetzer, C.; Sieber, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 6152. doi: 10.1021/jacs.7b01072
67. [67]
  Tamura, T.; Tsukiji, S.; Hamachi, I. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2216. doi: 10.1021/ja209641t
68. [68]
  Hughes, C. C.; Yang, Y.; Liu, W.; Dorrestein, P. C.; La Clair, J. J.; Fenical, W. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12094. doi: 10.1021/ja903149u
69. [69]
  Li, G.; Liu, Y.; Liu, Y.; Chen, L.; Wu, S.; Liu, Y.; Li, X. Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 9544. doi: 10.1002/anie.v52.36
70. [70]
  Park, J.; Oh, S.; Park, S. B. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 5447. doi: 10.1002/anie.201200609
71. [71]
  Leriche, G.; Chisholm, L.; Wagner, A. Bioorg. Med. Chem. 2012, 20, 571. doi: 10.1016/j.bmc.2011.07.048
72. [72]
  Li, W.; Zhou, Y.; Tang, G.; Xiao, Y. Bioconjugate Chem. 2016, 27, 2828. doi: 10.1021/acs.bioconjchem.6b00556
73. [73]
  Barglow, K. T.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2007, 4, 822. doi: 10.1038/nmeth1092
74. [74]
  Abegg, D.; Frei, R.; Cerato, L.; Prasad Hari, D.; Wang, C.; Waser, J.; Adibekian, A. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 10852. doi: 10.1002/anie.201505641
75. [75]
  Wang, C.; Weerapana, E.; Blewett, M. M.; Cravatt, B. F. Nat. Methods 2014, 11, 79. doi: 10.1038/nmeth.2759
76. [76]
  Zhou, Y.; Li, W.; Wang, M.; Zhang, X.; Zhang, H.; Tong, X.; Xiao, Y. Mol. BioSyst. 2017, 13, 83. doi: 10.1039/C6MB00691D
77. [77]
  Grossman, E. A.; Ward, C. C.; Spradlin, J. N.; Bateman, L. A.; Huffman, T. R.; Miyamoto, D. K.; Kleinman, J. I.; Nomura, D. K. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 1368. doi: 10.1016/j.chembiol.2017.08.013
78. [78]
  Tian, C.; Sun, R.; Liu, K.; Fu, L.; Liu, X.; Zhou, W.; Yang, Y.; Yang, J. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 1416. doi: 10.1016/j.chembiol.2017.08.022
79. [79]
  Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376. doi: 10.1074/mcp.M200025-MCP200
80. [80]
  Wiese, S.; Reidegeld, K. A.; Meyer, H. E.; Warscheid, B. Proteomics 2007, 7, 340. doi: 10.1002/(ISSN)1615-9861
81. [81]
  Thompson, A.; Schäfer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895. doi: 10.1021/ac0262560
82. [82]
  Wang, J.; Gao, L.; Lee, Y. M.; Kalesh, K. A.; Ong, Y. S.; Lim, J.; Jee, J.-E.; Sun, H.; Lee, S. S.; Hua, Z.-C.; Lin, Q. Pharmacol. Therapeut. 2016, 162, 10. doi: 10.1016/j.pharmthera.2016.01.010
83. [83]
  Smith, G. P.; Petrenko, V. A. Chem. Rev. 1997, 97, 391. doi: 10.1021/cr960065d
84. [84]
  Jin, Y.; Yu, J.; Yu, Y. G. Chem. Biol. 2002, 9, 157. doi: 10.1016/S1074-5521(02)00096-0
85. [85]
  Takakusagi, Y.; Takakusagi, K.; Kuramochi, K.; Kobayashi, S.; Sugawara, F.; Sakaguchi, K. Bioorg. Med. Chem. 2007, 15, 7590. doi: 10.1016/j.bmc.2007.09.002
86. [86]
  Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 55. doi: 10.1016/S1367-5931(02)00005-4
87. [87]
  Lomenick, B.; Hao, R.; Jonai, N.; Chin, R. M.; Aghajan, M.; Warburton, S.; Wang, J.; Wu, R. P.; Gomez, F.; Loo, J. A.; Wohlschlegel, J. A.; Vondriska, T. M.; Pelletier, J.; Herschman, H. R.; Clardy, J.; Clarke, C. F.; Huang, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 21984. doi: 10.1073/pnas.0910040106
88. [88]
  Chin, R. M.; Fu, X.; Pai, M. Y.; Vergnes, L.; Hwang, H.; Deng, G.; Diep, S.; Lomenick, B.; Meli, V. S.; Monsalve, G. C; Hu, E.; Whelan, S. A.; Wang, J. X.; Jung, G.; Solis, G. M.; Fazlollahi, F.; Kaweeteerawat, C.; Quach, A.; Nili, M.; Krall, A. S.; Godwin, H. A.; Chang, H. R.; Faull, K. F.; Guo, F.; Jiang, M.; Trauger, S. A.; Saghatelian, A.; Brass, D.; Christofk, H. R.; Clarke, C. F.; Teitell, M. A.; Petrascheck, M.; Reue, K.; Jung, M. E.; Frand, A. R.; Huang, J. Nature 2014, 510, 397. doi: 10.1038/nature13264
89. [89]
  Fleta-Soriano, E.; Martinez, J. P.; Hinkelmann, B.; Gerth, K.; Washausen, P.; Diez, J.; Frank, R.; Sasse, F.; Meyerhans, A. Microb. Cell Fact. 2014, 13, 17. doi: 10.1186/1475-2859-13-17
90. [90]
  Hu, Y. -S. Ph. D. Dissertation, Second Military Medical University, Shanghai, 2013(in Chinese).
91. [91]
  Dal Piaz, F.; Vera Saltos, M. B.; Franceschelli, S.; Forte, G.; Marzocco, S.; Tuccinardi, T.; Poli, G.; Nejad Ebrahimi, S.; Hamburger, M.; De Tommasi, N.; Braca, A. J. Nat. Prod. 2016, 79, 2681. doi: 10.1021/acs.jnatprod.6b00627
92. [92]
  Molina, D. M.; Jafari, R.; Ignatushchenko, M.; Seki, T.; Larsson, E. A.; Dan, C.; Sreekumar, L.; Cao, Y.; Nordlund, P. Science 2013, 341, 84. doi: 10.1126/science.1233606
93. [93]
  Martinez, M. D.; Nordlund, P. Annu. Rev. Phamacol. 2016, 56, 141. doi: 10.1146/annurev-pharmtox-010715-103715
94. [94]
  Savitski, M. M.; Reinhard, F. B.; Franken, H.; Werner, T.; Savitski, M. F.; Eberhard, D.; Molina, D. M.; Jafari, R.; Dovega, R. B.; Klaeger, S.; Kuster, B. Science 2014, 346, 1255784. doi: 10.1126/science.1255784
95. [95]
  Reinhard, F. B.; Eberhard, D.; Werner, T.; Franken, H.; Childs, D.; Doce, C.; Savitski, M. F.; Huber, W.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M.; Drewes, G. Nat. Methods 2015, 12, 1129. doi: 10.1038/nmeth.3652
96. [96]
  Huber, K. V.; Olek, K. M.; Müller, A. C.; Tan, C. S. H.; Bennett, K. L.; Colinge, J.; Superti-Furga, G. Nat. Methods 2015, 12, 1055. doi: 10.1038/nmeth.3590
97. [97]
  Becher, I.; Werner, T.; Doce, C.; Zaal, E. A.; Tögel, I.; Khan, C. A.; Rueger, A.; Muelbaier, M.; Salzer, E.; Berkers, C. R.; Fitzpatrick, P. F.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 908. doi: 10.1038/nchembio.2185
98. [98]
  Franken, H.; Mathieson, T.; Childs, D.; Sweetman, G. M.; Werner, T.; Tögel, I.; Doce, C.; Gade, S.; Bantscheff, M.; Drewes, G.; Reinhard, F. B. Nat. Protoc. 2015, 10, 1567. doi: 10.1038/nprot.2015.101
99. [99]
  Park, H.; Ha, J.; Koo, J. Y.; Park, J.; Park, S. B. Chem. Sci. 2017, 8, 1127. doi: 10.1039/C6SC03238A
100. [100]
  West, G. M.; Tucker, C. L.; Xu, T.; Park, S. K.; Han, X.; Yates, J. R.; Fitzgerald M. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 9078. doi: 10.1073/pnas.1000148107
101. [101]
  Chan, J. N.; Vuckovic, D.; Sleno, L.; Olsen, J. B.; Pogoutse, O.; Havugimana, P. C.; Hewel, J. A.; Bajaj, N.; Wang, Y.; Musteata, M. F.; Nislw, C.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111. 016642. doi: 10.1074/mcp.M111.016642
102. [102]
  Parsons, A. B.; Lopez, A.; Givoni, I. E.; Williams, D. E.; Gray, C. A.; Porter, J.; Chua, G.; Sopko, R.; Brost, R. L.; Ho, C. H.; Wang, J.; Ketela, T.; Brenner, C.; Brill, J. A.; Femandez, G. E.; Lorenz, T. C.; Payne, G. S.; Ishihara, S.; Ohya, Y.; Andrews, B.; Hughes, T. R.; Frey, B. J.; Graham, T. R.; Andersen, R. J.; Boone, C. Cell 2006, 126, 611. doi: 10.1016/j.cell.2006.06.040
103. [103]
  Ho, C. H.; Magtanong, L.; Barker, S. L.; Gresham, D.; Nishimura, S.; Natarajan, P.; Koh, J. L.; Porter, J.; Gray, C. A.; Andersen, R. J.; Giaever, G. Nat. Biotech. 2009, 27, 369. doi: 10.1038/nbt.1534
104. [104]
  Luesch, H.; Wu, T. Y.; Ren, P.; Gray, N. S.; Schultz, P. G.; Supek, F. Chem. Biol. 2005, 12, 55. doi: 10.1016/j.chembiol.2004.10.015
105. [105]
  Smith, A. M.; Ammar, R.; Nislow, C.; Giaever, G. Pharmacol. Therapeut. 2010, 127, 156. doi: 10.1016/j.pharmthera.2010.04.012
106. [106]
  Lum, P. Y.; Armour, C. D.; Stepaniants, S. B.; Cavet, G.; Wolf, M. K.; Butler, J. S.; Hinshaw, J. C.; Garnier, P.; Prestwich, G. D.; Leonardson, A.; Garrett-Engele, P.; Leonardson, A. Cell 2004, 116, 121. doi: 10.1016/S0092-8674(03)01035-3
107. [107]
  Sopko, R.; Huang, D.; Preston, N.; Chua, G.; Papp, B.; Kafadar, K.; Snyder, M.; Oliver, S. G.; Cyert, M.; Hughes, T. R.; Boone, C.; Andrews, B. Mol. Cell 2006, 21, 319. doi: 10.1016/j.molcel.2005.12.011
108. [108]
  Chen, X.; Ung, C. Y.; Chen, Y. Nat. Prod. Rep. 2003, 20, 432. doi: 10.1039/b303745b
109. [109]
  Chen, X.; Ji, Z. L.; Chen, Y. Z. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 412. doi: 10.1093/nar/30.1.412
110. [110]
  Gao, Z.; Li, H.; Zhang, H.; Liu, X.; Kang, L.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Wang, X.; Jiang, H. BMC Bioinformatics 2008, 9, 104. doi: 10.1186/1471-2105-9-104
111. [111]
  Chen, L.; Oughtred, R.; Berman, H. M.; Westbrook, J. Bioinformatics 2004, 20, 2860. doi: 10.1093/bioinformatics/bth300
112. [112]
  Ji, Z. L.; Han, L. Y.; Yap, C. W.; Sun, L. Z.; Chen, X.; Chen, Y. Z. Drug Safety 2003, 26, 685. doi: 10.2165/00002018-200326100-00002
113. [113]
  Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Cheng, D.; Shrivastava, S.; Tzur, D.; Gautam, B.; Hassanali, M. Nucleic Acids Res. 2007, 36, D901.
114. [114]
  Zhang, J. X.; Huang, W. J.; Zeng, J. H.; Huang, W. H.; Wang, Y.; Zhao, R.; Han, B. C.; Liu, Q. F.; Chen, Y. Z.; Ji, Z. L. Bioinformatics 2007, 23, 1710. doi: 10.1093/bioinformatics/btm139
115. [115]
  Chen, Y. Z.; Ung, C. Y. Am. J. Chin. Med. 2002, 30, 139. doi: 10.1142/S0192415X02000156
116. [116]
  Li, H.; Gao, Z.; Kang, L.; Zhang, H.; Yang, K.; Yu, K.; Luo, X.; Zhu, W.; Chen, K.; Shen, J.; Wang, X.; Jiang, H. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W219. doi: 10.1093/nar/gkl114
117. [117]
  Liu, X.; Ouyang, S.; Yu, B.; Liu, Y.; Huang, K.; Gong, J.; Zheng, S.; Li, Z.; Li, H.; Jiang, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, W609. doi: 10.1093/nar/gkq300
118. [118]
  Kinnings, S. L.; Jackson, R. M. J. Chem. Inf. Model. 2011, 28, 624.
119. [119]
  Wang, J. C.; Chu, P. Y.; Chen, C. M.; Lin, J. H. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W393. doi: 10.1093/nar/gks496
120. [120]
  Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739. doi: 10.1021/jm0306430
121. [121]
  Park, K.; Cho, A. E. J. Ginseng. Res. 2017, 41, 534. doi: 10.1016/j.jgr.2016.10.005
122. [122]
  Smith, A. M.; Ammar, R.; Nislow, C.; Giaever, G. Pharmacol. Therapeut. 2010, 127, 156. doi: 10.1016/j.pharmthera.2010.04.012
123. [123]
  Rees, M. G.; Seashore-Ludlow, B.; Cheah, J. H.; Adams, D. J.; Price, E. V.; Gill, S.; Javaid, S.; Coletti, M. E.; Jones, V. L.; Bodycombe, N. E.; Soule, C. K.; Alexander, B.; Li, A.; Montgomery, P.; Kotz, J. D.; Hon, C. S.; Munoz, B.; Liefeld, T.; Dancik, V.; Haber, D. A.; Clish, C. B.; Bittker, J. A.; Palmer, M.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A.; Shamji, A. F.; Schreiber, S. L. Nat. Chem. Biol. 2016, 12, 109. doi: 10.1038/nchembio.1986
124. [124]
  Yue, Q.; Feng, L.; Cao, B.; Liu, M.; Zhang, D.; Wu, W.; Jiang, B.; Yang, M.; Liu, X.; Guo, D. Mol. Cell. Proteomics 2016, 15, 26. doi: 10.1074/mcp.M115.053272
125. [125]
  Prieto, J. H.; Koncarevic, S.; Park, S. K.; Yates, J.; Becker, K. PLoS One 2008, 3, e4098. doi: 10.1371/journal.pone.0004098
126. [126]
  Kong, Q.; Tong, Q.; Lou, D.; Ding, J.; Zheng, B.; Chen, R.; Zhu, X.; Chen, X.; Dong, K.; Lu, S. Mol. BioSyst. 2015, 11, 1400. doi: 10.1039/C5MB00074B
127. [127]
  Hansen, J.; Palmfeldt, J.; Vang, S.; Corydon, T. J.; Gregersen, N.; Bross, P. PLoS One 2011, 6, e26634. doi: 10.1371/journal.pone.0026634
128. [128]
  Xu, Y.; Wang, Y.; Yan, L.; Liang, R. M.; Dai, B. D.; Tang, R. J.; Gao, P. H., Jiang, Y. Y. J. Proteome Res. 2009, 8, 5296. doi: 10.1021/pr9005074
129. [129]
  D'Aguanno, S.; D'Agnano, I.; De Canio, M.; Rossi, C.; Bernardini, S.; Federici, G.; Urbani, A. Mol. BioSyst. 2012, 8, 1068. doi: 10.1039/c2mb05498a
130. [130]
  Towbin, H.; Bair, K. W.; DeCaprio, J. A.; Eck, M. J.; Kim, S.; Kinder, F. R.; Morollo, A.; Mueller, D. R.; Schindler, P.; Song, H. K.; Van Oostrum, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52964. doi: 10.1074/jbc.M309039200
131. [131]
  Futamura, Y.; Kawatani, M.; Kazami, S.; Tanaka, K.; Muroi, M.; Shimizu, T.; Tomita, K.; Watanabe, N.; Osada, H. Chem. Biol. 2012, 19, 1620. doi: 10.1016/j.chembiol.2012.10.014
132. [132]
  Futamura, Y.; Yamamoto, K; Osada, H. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2017, 81, 28. doi: 10.1080/09168451.2016.1248365
133. [133]
  Shoemaker, R. H. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 813. doi: 10.1038/nrc1951
134. [134]
  Bai, R.; Paull, K. D.; Herald, C. L.; Malspeis, L.; Pettit, G. R.; Hamel, E. J. Biol. Chem. 1991, 266, 15882.
135. [135]
  Kurita, K. L.; Glassey, E.; Linington, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, 11999. doi: 10.1073/pnas.1507743112
136. [136]
  Lu, Y.; Zhang, Y.; Li, L.; Feng, X.; Ding, S.; Zheng, W.; Li, J.; Shen, P. Chem. Biol. 2014, 21, 246. doi: 10.1016/j.chembiol.2013.12.009
137. [137]
  Leuenroth, S. J.; Okuhara, D.; Shotwell, J. D.; Markowitz, G. S.; Yu, Z.; Somlo, S.; Crews, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 4389. doi: 10.1073/pnas.0700499104
138. [138]
  Corson, T. W.; Cavga, H.; Aberle, N.; Crews, C. M. ChemBioChem 2001, 12, 1767.
139. [139]
  Vispé, S.; DeVries, L.; Créancier, L.; Besse, J.; Bréand, S.; Hobson, D. J.; Svejstrup, J. Q.; Annereau, J. P.; Cussac, D.; Dumontet, C.; Guilbaud, N. Mol. Cancer Therapeut. 2009, 8, 2780. doi: 10.1158/1535-7163.MCT-09-0549
140. [140]
  Leuenroth, S. J.; Crews, C. M. Chem. Biol. 2005, 12, 1259. doi: 10.1016/j.chembiol.2005.09.009
141. [141]
  McCallum, C.; Kwon, S.; Leavitt, P.; Shen, D. M.; Liu, W.; Gurnett, A. Immunobiology 2007, 212, 549. doi: 10.1016/j.imbio.2007.02.002
142. [142]
  Titov, D. V.; Gilman, B.; He, Q.-L.; Bhat, S.; Low, W. K.; Dang, Y.; Smeaton, M.; Demain, A. L.; Miller, P. S.; Kugel, J. F.; Goodrich, J. A.; Liu, J. O. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 182. doi: 10.1038/nchembio.522
143. [143]
  He, Q. L.; Titov, D. V.; Li, J.; Tan, M.; Ye, Z.; Zhao, Y.; Romo, D.; Liu, J. O. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 1859. doi: 10.1002/anie.201408817
144. [144]
  McClary, B.; Zinshteyn, B.; Meyer, M.; Jouanneau, M.; Pellegrino, S.; Yusupova, G.; Schuller, A.; Reyes, J. C. P.; Lu, J.; Guo, Z.; Ayinde, S.; Luo, C.; Dang, Y.; Romo, D.; Yusupov, M.; Green, R.; Liu, J. O. Cell Chem. Biol. 2017, 24, 605. doi: 10.1016/j.chembiol.2017.04.006
1. [1]
  Haitang WANG , Yanni LING , Xiaqing MA , Yuxin CHEN , Rui ZHANG , Keyi WANG , Ying ZHANG , Wenmin WANG . Construction, crystal structures, and biological activities of two Ln^Ⅲ₃ complexes. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(8): 1474-1482. doi: 10.11862/CJIC.20240188
2. [2]
  Zeyu XU , Anlei DANG , Bihua DENG , Xiaoxin ZUO , Yu LU , Ping YANG , Wenzhu YIN . Evaluation of the efficacy of graphene oxide quantum dots as an ovalbumin delivery platform and adjuvant for immune enhancement. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(6): 1065-1078. doi: 10.11862/CJIC.20240099
3. [3]
  Xin MA , Ya SUN , Na SUN , Qian KANG , Jiajia ZHANG , Ruitao ZHU , Xiaoli GAO . A Tb₂ complex based on polydentate Schiff base: Crystal structure, fluorescence properties, and biological activity. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(7): 1347-1356. doi: 10.11862/CJIC.20230357
4. [4]
  Jinlong YAN , Weina WU , Yuan WANG . A simple Schiff base probe for the fluorescent turn-on detection of hypochlorite and its biological imaging application. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(9): 1653-1660. doi: 10.11862/CJIC.20240154
5. [5]
  Yonghui ZHOU , Rujun HUANG , Dongchao YAO , Aiwei ZHANG , Yuhang SUN , Zhujun CHEN , Baisong ZHU , Youxuan ZHENG . Synthesis and photoelectric properties of fluorescence materials with electron donor-acceptor structures based on quinoxaline and pyridinopyrazine, carbazole, and diphenylamine derivatives. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(4): 701-712. doi: 10.11862/CJIC.20230373
6. [6]
  Jiahong ZHENG , Jiajun SHEN , Xin BAI . Preparation and electrochemical properties of nickel foam loaded NiMoO₄/NiMoS₄ composites. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(3): 581-590. doi: 10.11862/CJIC.20230253
7. [7]
  Tiantian MA , Sumei LI , Chengyu ZHANG , Lu XU , Yiyan BAI , Yunlong FU , Wenjuan JI , Haiying YANG . Methyl-functionalized Cd-based metal-organic framework for highly sensitive electrochemical sensing of dopamine. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(4): 725-735. doi: 10.11862/CJIC.20230351
8. [8]
  Zhihuan XU , Qing KANG , Yuzhen LONG , Qian YUAN , Cidong LIU , Xin LI , Genghuai TANG , Yuqing LIAO . Effect of graphene oxide concentration on the electrochemical properties of reduced graphene oxide/ZnS. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(7): 1329-1336. doi: 10.11862/CJIC.20230447
9. [9]
  Qin ZHU , Jiao MA , Zhihui QIAN , Yuxu LUO , Yujiao GUO , Mingwu XIANG , Xiaofang LIU , Ping NING , Junming GUO . Morphological evolution and electrochemical properties of cathode material LiAl_0.08Mn_1.92O₄ single crystal particles. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(8): 1549-1562. doi: 10.11862/CJIC.20240022
10. [10]
  Qingtang ZHANG , Xiaoyu WU , Zheng WANG , Xiaomei WANG . Performance of nano Li₂FeSiO₄/C cathode material co-doped by potassium and chlorine ions. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(9): 1689-1696. doi: 10.11862/CJIC.20240115
11. [11]
  Lu XU , Chengyu ZHANG , Wenjuan JI , Haiying YANG , Yunlong FU . Zinc metal-organic framework with high-density free carboxyl oxygen functionalized pore walls for targeted electrochemical sensing of paracetamol. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(5): 907-918. doi: 10.11862/CJIC.20230431
12. [12]
  Yuanchao LI , Weifeng HUANG , Pengchao LIANG , Zifang ZHAO , Baoyan XING , Dongliang YAN , Li YANG , Songlin WANG . Effect of heterogeneous dual carbon sources on electrochemical properties of LiMn_0.8Fe_0.2PO₄/C composites. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(4): 751-760. doi: 10.11862/CJIC.20230252
13. [13]
  Xinpeng LIU , Liuyang ZHAO , Hongyi LI , Yatu CHEN , Aimin WU , Aikui LI , Hao HUANG . Ga₂O₃ coated modification and electrochemical performance of Li_1.2Mn_0.54Ni_0.13Co_0.13O₂ cathode material. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(6): 1105-1113. doi: 10.11862/CJIC.20230488
14. [14]
  Jing SU , Bingrong LI , Yiyan BAI , Wenjuan JI , Haiying YANG , Zhefeng Fan . Highly sensitive electrochemical dopamine sensor based on a highly stable In-based metal-organic framework with amino-enriched pores. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(7): 1337-1346. doi: 10.11862/CJIC.20230414
15. [15]
  Hongyi LI , Aimin WU , Liuyang ZHAO , Xinpeng LIU , Fengqin CHEN , Aikui LI , Hao HUANG . Effect of Y(PO₃)₃ double-coating modification on the electrochemical properties of Li[Ni_0.8Co_0.15Al_0.05]O₂. Chinese Journal of Inorganic Chemistry, 2024, 40(7): 1320-1328. doi: 10.11862/CJIC.20230480

Get Citation

PDF

XML

Metrics

PDF Downloads(619)
Abstract views(13169)
HTML views(4800)

通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com

1.
沈阳化工大学材料科学与工程学院沈阳 110142