注册 English

人工智能赋能DNA计算：探索生物信息的新前沿

杨润 ,  庞华婕 ,  臧惠萍 ,  张瑞中 ,  张志成 ,  李希艳 ,  张立兵

downloadPDF
引用本文: 杨润, 庞华婕, 臧惠萍, 张瑞中, 张志成, 李希艳, 张立兵. 人工智能赋能DNA计算：探索生物信息的新前沿[J]. 大学化学, 2025, 40(9): 107-117. doi: 10.12461/PKU.DXHX202412135 shu
Citation:  Run Yang,  Huajie Pang,  Huiping Zang,  Ruizhong Zhang,  Zhicheng Zhang,  Xiyan Li,  Libing Zhang. Artificial Intelligence-Enabled DNA Computing: Exploring New Frontiers in Bioinformatics[J]. University Chemistry, 2025, 40(9): 107-117. doi: 10.12461/PKU.DXHX202412135 shu

人工智能赋能DNA计算：探索生物信息的新前沿

  • 1.

    天津大学理学院化学系, 有机集成电路教育部重点实验室, 天津市分子光电科学重点实验室, 天津 300072;

  • 2.

    南开大学电子信息与光学工程学院, 光电子薄膜器件与技术研究所, 天津 300350

    • 通讯作者: 张志成,E-mail:zczhang19@tju.edu.cn; 李希艳,E-mail:xiyan.li@nankai.edu.cn; 张立兵,E-mail:libing.zhang@tju.edu.cn
  • 基金项目:

    2024年天津大学理学院研究生教育改革研究计划项目和国家自然科学基金面上项目(22474085,22474088,22375142)

摘要: DNA计算作为一种开创性的技术，利用生物分子执行数据存储、问题求解和逻辑操作等计算任务，为突破传统计算的瓶颈提供了新途径。随着其技术的不断发展，DNA计算在复杂性、错误率及效率等方面的挑战愈加凸显。人工智能(AI)的发展为DNA计算带来了优化与提升的重要契机。特别是在数据分析、模型优化及错误修正领域，AI技术的运用显著提升了DNA计算的效率、精确性和稳定性。本文综述了AI算法的分类，深入探讨了AI如何赋能DNA计算，特别是在优化计算流程、强化逻辑门功能及改进错误修正机制方面。此外，本文还总结了AI与DNA计算在生物信息学前沿的重要应用，包括基因组学、蛋白质结构预测、疾病诊断与精准医疗等领域。展望未来，随着AI技术与DNA计算的持续革新，两者结合的应用范围将进一步拓宽，有望成为推动生物科学发展的重要驱动力。

English

    1. [1]

      Kumar, S. N. Am. J. Nanomater. 2015, 3 (1), 1.Kumar, S. N. Am. J. Nanomater. 2015, 3 (1), 1.

    2. [2]

      Adleman, L. M. Science 1994, 266 (5187), 1021.Adleman, L. M. Science 1994, 266 (5187), 1021.

    3. [3]

      Okamoto, A.; Tanaka, K.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (30), 9458.Okamoto, A.; Tanaka, K.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (30), 9458.

    4. [4]

      高琳, 许进, 张军英. 电子学报, 2001, 29 (7), 973.

    5. [5]

      Chen, X.; Ellington, A. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2010, 21 (4), 392.Chen, X.; Ellington, A. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2010, 21 (4), 392.

    6. [6]

      Aldossary, A.; Campos-Gonzalez-Angulo, J. A.; Pablo-García, S.; Leong, S. X.; Rajaonson, E. M.; Thiede, L.; Tom, G.; Wang. A.; Avagliano, D.; Aspuru-Guzik, A. Adv Mater. 2024, 36 (30), e2402369.Aldossary, A.; Campos-Gonzalez-Angulo, J. A.; Pablo-García, S.; Leong, S. X.; Rajaonson, E. M.; Thiede, L.; Tom, G.; Wang. A.; Avagliano, D.; Aspuru-Guzik, A. Adv Mater. 2024, 36 (30), e2402369.

    7. [7]

      鲍艳春, 石彩霞, 张传强, 谷明娟, 朱琳, 刘在霞, 周乐, 马凤英, 娜日苏, 张文广. 遗传, 2024, 46 (9), 701.

    8. [8]

      Nguyen, E.; Poli, M.; Durrant, M. G.; Kang, B.; Katrekar, D.; Li, D. B.; Bartie, L. J.; Thomas, A. W.; King, S. H.; Brixi, G.; et al. Science 2024, 386 (6723), eado9336.Nguyen, E.; Poli, M.; Durrant, M. G.; Kang, B.; Katrekar, D.; Li, D. B.; Bartie, L. J.; Thomas, A. W.; King, S. H.; Brixi, G.; et al. Science 2024, 386 (6723), eado9336.

    9. [9]

      Sanabria, M.; Hirsch, J.; Joubert, P. M.; Poetsch, A. R. Nat. Mach. Intell. 2024, 6 (8), 911.Sanabria, M.; Hirsch, J.; Joubert, P. M.; Poetsch, A. R. Nat. Mach. Intell. 2024, 6 (8), 911.

    10. [10]

      Avsec, Ž.; Agarwal, V.; Visentin, D.; Ledsam, J. R.; Grabska-Barwinska, A.; Taylor, K. R.; Assael, Y.; Jumper, J.; Kohli, P.; Kelley, D. R. Nat. Methods. 2021, 18 (10), 1196.Avsec, Ž.; Agarwal, V.; Visentin, D.; Ledsam, J. R.; Grabska-Barwinska, A.; Taylor, K. R.; Assael, Y.; Jumper, J.; Kohli, P.; Kelley, D. R. Nat. Methods. 2021, 18 (10), 1196.

    11. [11]

      Kabir, A.; Bhattarai, M.; Peterson, S.; Najman-Licht, Y.; Rasmussen, K. Ø.; Shehu, A.; Bishop, A. R.; Alexandrov, B.; Usheva, A. Nucleic Acids Res. 2024, 52 (19), e91.Kabir, A.; Bhattarai, M.; Peterson, S.; Najman-Licht, Y.; Rasmussen, K. Ø.; Shehu, A.; Bishop, A. R.; Alexandrov, B.; Usheva, A. Nucleic Acids Res. 2024, 52 (19), e91.

    12. [12]

      Zhang, P.; Wei, L.; Li, J.; Wang, X. Natl. Sci. Rev. 2024, 11 (11), nwae343.Zhang, P.; Wei, L.; Li, J.; Wang, X. Natl. Sci. Rev. 2024, 11 (11), nwae343.

    13. [13]

      Yang, A.; Zhang, W.; Wang, J.; Yang, K.; Han, Y.; Zhang, L. Front. Bioeng. Biotechnol. 2020, 8, 1032.Yang, A.; Zhang, W.; Wang, J.; Yang, K.; Han, Y.; Zhang, L. Front. Bioeng. Biotechnol. 2020, 8, 1032.

    14. [14]

      Dixit, S.; Kumar, A.; Srinivasan, K.; Vincent, P. M. D. R.; Ramu-Krishnan, N. Front. Bioeng. Biotechnol. 2024, 11, 1335901.Dixit, S.; Kumar, A.; Srinivasan, K.; Vincent, P. M. D. R.; Ramu-Krishnan, N. Front. Bioeng. Biotechnol. 2024, 11, 1335901.

    15. [15]

      Xie, R.; Zan, X.; Chu, L.; Su, Y.; Xu, P.; Liu, W. BMC Bioinformatics. 2023, 24 (1), 111.Xie, R.; Zan, X.; Chu, L.; Su, Y.; Xu, P.; Liu, W. BMC Bioinformatics. 2023, 24 (1), 111.

    16. [16]

      Pang, S.; Ozawa, S.; Kasabov, N. IEEE. Trans. Syst. Man. Cybern. B. Cybern. 2005, 35 (5), 905.Pang, S.; Ozawa, S.; Kasabov, N. IEEE. Trans. Syst. Man. Cybern. B. Cybern. 2005, 35 (5), 905.

    17. [17]

      Suykens, J. A. K.; Vandewalle, J. Neural Process. Lett. 1999, 9, 293.Suykens, J. A. K.; Vandewalle, J. Neural Process. Lett. 1999, 9, 293.

    18. [18]

      Díaz-Uriarte, R.; Alvarez de Andrés, S. BMC Bioinformatics. 2006, 7, 1.Díaz-Uriarte, R.; Alvarez de Andrés, S. BMC Bioinformatics. 2006, 7, 1.

    19. [19]

      Lever, J.; Krzywinski, M. Nat. Methods. 2017, 14 (7), 641.Lever, J.; Krzywinski, M. Nat. Methods. 2017, 14 (7), 641.

    20. [20]

      Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; et al. Nature 2005, 435 (7043), 834.Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; et al. Nature 2005, 435 (7043), 834.

    21. [21]

      D'haeseleer, P. Nat. Biotechnol. 2005, 23 (12), 1499.D'haeseleer, P. Nat. Biotechnol. 2005, 23 (12), 1499.

    22. [22]

      Belkina, A. C.; Ciccolella, C. O.; Anno, R.; Halpert, R.; Spidlen, J.; Snyder-Cappione, J. E. Nat. Commun. 2019, 10 (1), 5415.Belkina, A. C.; Ciccolella, C. O.; Anno, R.; Halpert, R.; Spidlen, J.; Snyder-Cappione, J. E. Nat. Commun. 2019, 10 (1), 5415.

    23. [23]

      Schmidhuber, J. Neural. Netw. 2015, 61, 85.Schmidhuber, J. Neural. Netw. 2015, 61, 85.

    24. [24]

      Larochelle, H.; Bengio, Y.; Louradour, J.; Lamblin, P. J. Mach. Learn. Res. 2009, 10 (1).Larochelle, H.; Bengio, Y.; Louradour, J.; Lamblin, P. J. Mach. Learn. Res. 2009, 10 (1).

    25. [25]

      周飞燕, 金林鹏, 董军. 计算机学报, 2017, 40 (6), 1229.

    26. [26]

      Grossberg, S. Scholarpedia 2013, 8 (2), 1888.Grossberg, S. Scholarpedia 2013, 8 (2), 1888.

    27. [27]

      Hochreiter, S.; Schmidhuber, J. Neural Comput. 1997, 9 (8), 1735.Hochreiter, S.; Schmidhuber, J. Neural Comput. 1997, 9 (8), 1735.

    28. [28]

      Chambers, J. D.; Cook, M. J.; Burkitt, A. N.; Grayden, D. B. Front Neurosci. 2024, 18, 1472747.Chambers, J. D.; Cook, M. J.; Burkitt, A. N.; Grayden, D. B. Front Neurosci. 2024, 18, 1472747.

    29. [29]

      Creswell, A.; White, T.; Dumoulin, V.; Arulkumaran, K.; Sengupta, B.; Bharath, A. A. IEEE Signal Process. Mag. 2018, 35 (1), 53.Creswell, A.; White, T.; Dumoulin, V.; Arulkumaran, K.; Sengupta, B.; Bharath, A. A. IEEE Signal Process. Mag. 2018, 35 (1), 53.

    30. [30]

      Li, C.; Xu, K.; Zhu, J.; Liu, J.; Zhang, B. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 2022, 44 (12), 9629.Li, C.; Xu, K.; Zhu, J.; Liu, J.; Zhang, B. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 2022, 44 (12), 9629.

    31. [31]

      Wang, S. S.; Ellington, A. D. Chem. Rev. 2019, 119 (10), 6370.Wang, S. S.; Ellington, A. D. Chem. Rev. 2019, 119 (10), 6370.

    32. [32]

      Simmel, F. C.; Yurke, B.; Singh, H. R. Chem. Rev. 2019, 119 (10), 6326.Simmel, F. C.; Yurke, B.; Singh, H. R. Chem. Rev. 2019, 119 (10), 6326.

    33. [33]

      纪守领, 李进锋, 杜天宇, 李博. 计算机研究与发展, 2019, 56 (10), 2071.

    34. [34]

      Yue, T.; Wang, Y.; Zhang, L.; Gu, C.; Xue, H.; Wang, W.; Lyu, Q.; Dun, Y. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24 (21), 15858.Yue, T.; Wang, Y.; Zhang, L.; Gu, C.; Xue, H.; Wang, W.; Lyu, Q.; Dun, Y. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24 (21), 15858.

    35. [35]

      Robinson, T.; Harkin, J.; Shukla, P. Bioinformatics 2021, 37 (13), 1785.Robinson, T.; Harkin, J.; Shukla, P. Bioinformatics 2021, 37 (13), 1785.

    36. [36]

      Fu, R.; Hou, J.; Wang, Z.; Xianyu, Y. ACS Nano. 2024, 18 (22), 14754.Fu, R.; Hou, J.; Wang, Z.; Xianyu, Y. ACS Nano. 2024, 18 (22), 14754.

    37. [37]

      Xiao, M.; Wang, X.; Yao, Q.; Li, L.; Fan, C.; Pei, H. Chem 2024, 10 (12), 3634.Xiao, M.; Wang, X.; Yao, Q.; Li, L.; Fan, C.; Pei, H. Chem 2024, 10 (12), 3634.

    38. [38]

      Bardales, A. C.; Smirnov, V.; Taylor, K.; Kolpashchikov, D. M. Chembiochem. 2024, 25 (8), e202400080.Bardales, A. C.; Smirnov, V.; Taylor, K.; Kolpashchikov, D. M. Chembiochem. 2024, 25 (8), e202400080.

    39. [39]

      胡子昂, 高利明, 余文颖. 中国药科大学学报, 2024, 55 (3), 335.

    40. [40]

      Fu, L.; Cao, Y.; Wu, J.; Peng, Q.; Nie, Q.; Xie, X. Nucleic Acids Res. 2022, 50 (3), e14.Fu, L.; Cao, Y.; Wu, J.; Peng, Q.; Nie, Q.; Xie, X. Nucleic Acids Res. 2022, 50 (3), e14.

    41. [41]

      刘元宁, 臧子楠, 张浩, 刘震. 吉林大学学报(工学版), 2025, 55 (1), 297.

    42. [42]

      Zadeh, J. N.; Steenberg, C. D.; Bois, J. S.; Wolfe, B. R.; Pierce, M. B.; Khan, A. R.; Dirks, R. M.; Pierce, N. A. J. Comput. Chem. 2011, 32 (1), 170.Zadeh, J. N.; Steenberg, C. D.; Bois, J. S.; Wolfe, B. R.; Pierce, M. B.; Khan, A. R.; Dirks, R. M.; Pierce, N. A. J. Comput. Chem. 2011, 32 (1), 170.

    43. [43]

      Fornace, M. E.; Huang, J.; Newman, C. T.; Porubsky, N. J.; Pierce, M. B.; Pierce, N. A. ChemRxiv. 2022; doi: 10.26434/chemrxiv-2022-xv98lFornace, M. E.; Huang, J.; Newman, C. T.; Porubsky, N. J.; Pierce, M. B.; Pierce, N. A. ChemRxiv. 2022; doi: 10.26434/chemrxiv-2022-xv98l

    44. [44]

      Lee, J. W.; Won, J. H.; Jeon, S.; Choo, Y.; Yeon, Y.; Oh, J. S.; Kim, M.; Kim, S.; Joung, I.; Jang, C.; et al. Bioinformatics 2023, 39 (12), btad712.Lee, J. W.; Won, J. H.; Jeon, S.; Choo, Y.; Yeon, Y.; Oh, J. S.; Kim, M.; Kim, S.; Joung, I.; Jang, C.; et al. Bioinformatics 2023, 39 (12), btad712.

    45. [45]

      Zhang, P.; Wei, L.; Li, J.; Wang, X. Natl. Sci. Rev. 2024, 11 (11), nwae343.Zhang, P.; Wei, L.; Li, J.; Wang, X. Natl. Sci. Rev. 2024, 11 (11), nwae343.

    46. [46]

      Ma, Y.; Chen, S.; Qi, X.; Lu, Z.; Bi, K. IEEE Trans. Nanobioscience 2025, 24 (1), 89.Ma, Y.; Chen, S.; Qi, X.; Lu, Z.; Bi, K. IEEE Trans. Nanobioscience 2025, 24 (1), 89.

    47. [47]

      Wang, R.; Chen, J. Peer J. Comput. Sci. 2024, 10, e2160.Wang, R.; Chen, J. Peer J. Comput. Sci. 2024, 10, e2160.

    48. [48]

      Yang, W.; Luo, C.; Chen, S. Front. Genet. 2022, 13, 986325.Yang, W.; Luo, C.; Chen, S. Front. Genet. 2022, 13, 986325.

    49. [49]

      Zheng, T. Front. Genet. 2022, 13, 981269.Zheng, T. Front. Genet. 2022, 13, 981269.

    50. [50]

      Liu, A.; Li, Y.; Shen, L.; Li, N.; Zhao, Y.; Shen, L.; Li, Z. Front. Genet. 2022, 13, 983445.Liu, A.; Li, Y.; Shen, L.; Li, N.; Zhao, Y.; Shen, L.; Li, Z. Front. Genet. 2022, 13, 983445.

    51. [51]

      Dalla-Torre, H.; Gonzalez, L.; Mendoza-Revilla, J.; Lopez Carranza, N.; Grzywaczewski, A. H.; Oteri, F.; Dallago, C.; Trop, E.; de Almeida, B. P.; Sirelkhatim, H.; et al. Nat. Methods. 2025, 22 (2), 287.Dalla-Torre, H.; Gonzalez, L.; Mendoza-Revilla, J.; Lopez Carranza, N.; Grzywaczewski, A. H.; Oteri, F.; Dallago, C.; Trop, E.; de Almeida, B. P.; Sirelkhatim, H.; et al. Nat. Methods. 2025, 22 (2), 287.

    52. [52]

      Chaaban, S.; Ratkevičiūtė, G.; Lau, C. The Biochemist. 2024, 46 (2), 7.Chaaban, S.; Ratkevičiūtė, G.; Lau, C. The Biochemist. 2024, 46 (2), 7.

    53. [53]

      王冯璋, 刘源, 王初. 大学化学, 2025, 40 (1), 75.

    54. [54]

      Senior, A. W.; Evans, R.; Jumper, J.; Kirkpatrick, J.; Sifre, L.; Green, T.; Qin, C.; Žídek, A.; Nelson, A. W. R.; Bridgland, A.; et al. Nature 2020, 577 (7792), 706.Senior, A. W.; Evans, R.; Jumper, J.; Kirkpatrick, J.; Sifre, L.; Green, T.; Qin, C.; Žídek, A.; Nelson, A. W. R.; Bridgland, A.; et al. Nature 2020, 577 (7792), 706.

    55. [55]

      Jumper, J.; Evans, R.; Pritzel, A.; Green, T.; Figurnov, M.; Ronneberger, O.; Tunyasuvunakool, K.; Bates, R.; Žídek, A.; Potapenko, A.; et al. Nature 2021, 596 (7873), 583.Jumper, J.; Evans, R.; Pritzel, A.; Green, T.; Figurnov, M.; Ronneberger, O.; Tunyasuvunakool, K.; Bates, R.; Žídek, A.; Potapenko, A.; et al. Nature 2021, 596 (7873), 583.

    56. [56]

      Evans, R.; O’Neill, M.; Pritzel, A.; Antropova, N.; Senior, A.; Green, T.; Žídek, A.; Bates, R.; Blackwell, S.; Yim, J.; et al. Protein complex prediction with AlphaFold-Multimer. [2024-12-25]. https://doi.org/10.1101/2021.10.04.463034Evans, R.; O’Neill, M.; Pritzel, A.; Antropova, N.; Senior, A.; Green, T.; Žídek, A.; Bates, R.; Blackwell, S.; Yim, J.; et al. Protein complex prediction with AlphaFold-Multimer. [2024-12-25]. https://doi.org/10.1101/2021.10.04.463034

    57. [57]

      Zidek, A.Technical_note_v2.3.0.Md. [2024-12-25]. https://github.com/google-deepmind/alphafold/blob/main/docs/technical_note_v2.3.0.md (2022)Zidek, A.Technical_note_v2.3.0.Md. [2024-12-25]. https://github.com/google-deepmind/alphafold/blob/main/docs/technical_note_v2.3.0.md (2022)

    58. [58]

      Baek, M.; DiMaio, F.; Anishchenko, I.; Dauparas, J.; Ovchinnikov, S.; Lee, G. R.; Wang, J.; Cong, Q.; Kinch, L. N.; Schaeffer, R. D.; et al. Science 2021, 373 (6557), 871.Baek, M.; DiMaio, F.; Anishchenko, I.; Dauparas, J.; Ovchinnikov, S.; Lee, G. R.; Wang, J.; Cong, Q.; Kinch, L. N.; Schaeffer, R. D.; et al. Science 2021, 373 (6557), 871.

    59. [59]

      Krishna, R.; Wang, J.; Ahern, W.; Sturmfels, P.; Venkatesh, P.; Kalvet, I.; Lee, G. R.; Morey-Burrows, F. S.; Anishchenko, I.; Humphreys, I. R.; et al. Science 2024, 384 (6693), eadl2528.Krishna, R.; Wang, J.; Ahern, W.; Sturmfels, P.; Venkatesh, P.; Kalvet, I.; Lee, G. R.; Morey-Burrows, F. S.; Anishchenko, I.; Humphreys, I. R.; et al. Science 2024, 384 (6693), eadl2528.

    60. [60]

      Abramson, J.; Adler, J.; Dunger, J.; Evans, R.; Green, T.; Pritzel, A.; Ronneberger, O.; Willmore, L.; Ballard, A. J.; Bambrick, J.; et al. Nature 2024, 630 (8016), 493.Abramson, J.; Adler, J.; Dunger, J.; Evans, R.; Green, T.; Pritzel, A.; Ronneberger, O.; Willmore, L.; Ballard, A. J.; Bambrick, J.; et al. Nature 2024, 630 (8016), 493.

    61. [61]

      Steinegger, M.; Söding, J. Nat. Biotechnol. 2017, 35 (11). 1026.Steinegger, M.; Söding, J. Nat. Biotechnol. 2017, 35 (11). 1026.

    62. [62]

      Steinegger, M.; Söding, J. Nat. Commun. 2018, 9 (1), 2542.Steinegger, M.; Söding, J. Nat. Commun. 2018, 9 (1), 2542.

    63. [63]

      Hippe, K.; Gbenro, S.; Cao, R. ProLanGO2: Protein Function Prediction with Ensemble of Encoder-Decoder Networks//Proceedings of the 11th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics. ACM BCB 2020, Virtual Conference, September 21-24, 2020. New York: Association for Computing Machinery (ACM), 2020: 1-6.Hippe, K.; Gbenro, S.; Cao, R. ProLanGO2: Protein Function Prediction with Ensemble of Encoder-Decoder Networks//Proceedings of the 11th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics. ACM BCB 2020, Virtual Conference, September 21-24, 2020. New York: Association for Computing Machinery (ACM), 2020: 1-6.

    64. [64]

      Gligorijević, V.; Renfrew, P. D.; Kosciolek, T.; Leman, J. K.; Berenberg, D.; Vatanen, T.; Chandler, C.; Taylor, B. C.; Fisk, I. M.; Vlamakis, H.; et al. Nat. Commun. 2021, 12 (1), 3168.Gligorijević, V.; Renfrew, P. D.; Kosciolek, T.; Leman, J. K.; Berenberg, D.; Vatanen, T.; Chandler, C.; Taylor, B. C.; Fisk, I. M.; Vlamakis, H.; et al. Nat. Commun. 2021, 12 (1), 3168.

    65. [65]

      You, R.; Yao, S.; Mamitsuka, H.; Zhu, S. Bioinformatics 2021, 37 (Suppl. 1), i262.You, R.; Yao, S.; Mamitsuka, H.; Zhu, S. Bioinformatics 2021, 37 (Suppl. 1), i262.

    66. [66]

      Lin, Z.; Akin, H.; Rao, R.; Hie, B.; Zhu, Z.; Lu, W.; dos Santos Costa, A.; Fazel-Zarandi, M.; Sercu, T.; Candido, S.; et al. Language models of protein sequences at the scale of evolution enable accurate structure prediction. [2024-12-25]. https://doi.org/10.1101/2022.07.20.500902Lin, Z.; Akin, H.; Rao, R.; Hie, B.; Zhu, Z.; Lu, W.; dos Santos Costa, A.; Fazel-Zarandi, M.; Sercu, T.; Candido, S.; et al. Language models of protein sequences at the scale of evolution enable accurate structure prediction. [2024-12-25]. https://doi.org/10.1101/2022.07.20.500902

    67. [67]

      Oliveira, G. B.; Pedrini, H.; Dias, Z. BMC Bioinformatics 2023, 24 (1), 242.Oliveira, G. B.; Pedrini, H.; Dias, Z. BMC Bioinformatics 2023, 24 (1), 242.

    68. [68]

      Koo, D. C. E.; Bonneau, R. Bioinformatics 2019, 35 (10), 1737.Koo, D. C. E.; Bonneau, R. Bioinformatics 2019, 35 (10), 1737.

    69. [69]

      Törönen, P.; Medlar, A.; Holm, L. Nucleic Acids Res. 2018, 46 (W1), W84.Törönen, P.; Medlar, A.; Holm, L. Nucleic Acids Res. 2018, 46 (W1), W84.

    70. [70]

      Gligorijević, V.; Barot, M.; Bonneau, R. Bioinformatics 2018, 34 (22), 3873.Gligorijević, V.; Barot, M.; Bonneau, R. Bioinformatics 2018, 34 (22), 3873.

    71. [71]

      Vargas, A. J.; Harris, C. C. Nat. Rev. Cancer 2016, 16 (8), 525.Vargas, A. J.; Harris, C. C. Nat. Rev. Cancer 2016, 16 (8), 525.

    72. [72]

      Collins, F. S.; Varmus, H. N. Engl. J. Med. 2015, 372 (9), 793.Collins, F. S.; Varmus, H. N. Engl. J. Med. 2015, 372 (9), 793.

    73. [73]

      Thomasian, N. M.; Kamel, I. R.; Bai, H. X. Nat. Rev. Endocrinol. 2022, 18 (2), 81.Thomasian, N. M.; Kamel, I. R.; Bai, H. X. Nat. Rev. Endocrinol. 2022, 18 (2), 81.

    74. [74]

      Benenson, Y.; Gil, B.; Ben-Dor, U.; Adar, R.; Shapiro, E. Nature 2004, 429 (6990), 423.Benenson, Y.; Gil, B.; Ben-Dor, U.; Adar, R.; Shapiro, E. Nature 2004, 429 (6990), 423.

    75. [75]

      Seelig, G.; Soloveichik, D.; Zhang, D. Y.; Winfree, E. Science 2006, 314 (5805), 1585.Seelig, G.; Soloveichik, D.; Zhang, D. Y.; Winfree, E. Science 2006, 314 (5805), 1585.

    76. [76]

      Lopez, R.; Wang, R.; Seelig, G. Nat. Chem. 2018, 10 (7), 746.Lopez, R.; Wang, R.; Seelig, G. Nat. Chem. 2018, 10 (7), 746.

    77. [77]

      Zhang, C.; Zhao, Y.; Xu, X.; Xu, R.; Li, H.; Teng, X.; Du, Y.; Miao, Y.; Lin, H. C.; Han, D. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 709.Zhang, C.; Zhao, Y.; Xu, X.; Xu, R.; Li, H.; Teng, X.; Du, Y.; Miao, Y.; Lin, H. C.; Han, D. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 709.

    78. [78]

      Su, H.; Xu, J.; Wang, Q.; Wang, F.; Zhou, X. Nat. Commun. 2019, 10 (1), 5390.Su, H.; Xu, J.; Wang, Q.; Wang, F.; Zhou, X. Nat. Commun. 2019, 10 (1), 5390.

    79. [79]

      Moerman, P. G.; Schulman, R. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 626.Moerman, P. G.; Schulman, R. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 626.

    80. [80]

      Zhang, C.; Zhao, Y.; Xu, X.; Xu, R.; Li, H.; Teng, X.; Du, Y.; Miao, Y.; Lin, H. C.; Han, D. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 709.Zhang, C.; Zhao, Y.; Xu, X.; Xu, R.; Li, H.; Teng, X.; Du, Y.; Miao, Y.; Lin, H. C.; Han, D. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 709.

    81. [81]

      Lopez, R.; Wang, R.; Seelig, G. Nat. Chem. 2018, 10 (7), 746.Lopez, R.; Wang, R.; Seelig, G. Nat. Chem. 2018, 10 (7), 746.

    82. [82]

      Yang, L.; Tang, Q.; Zhang, M.; Tian, Y.; Chen, X.; Xu, R.; Ma, Q.; Guo, P.; Zhang, C.; Han, D. Nat. Commun. 2024, 15 (1), 4583.Yang, L.; Tang, Q.; Zhang, M.; Tian, Y.; Chen, X.; Xu, R.; Ma, Q.; Guo, P.; Zhang, C.; Han, D. Nat. Commun. 2024, 15 (1), 4583.

  • 加载中
WeChat 扫一扫看文章
计量
  • PDF下载量:  0
  • 文章访问数:  9
  • HTML全文浏览量:  1
文章相关
  • 发布日期:  2025-06-06
  • 收稿日期:  2024-12-30
  • 接受日期:  2025-02-12
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
  • 1. 

    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

  1. 本站搜索
  2. 百度学术搜索
  3. 万方数据库搜索
  4. CNKI搜索

/

返回文章

All Rights Reserved by the Chinese Chemical Society   中国化学会 版权所有 京ICP备05002797号

本系统由北京仁和汇智信息技术有限公司开发    技术支持: info@rhhz.net